La zone du Programme comprend 14 pays, lesquels incluent 112 territoires. On estime que près de 198 millions de personnes vivent dans la l'espace de coopération.

En plus des 14 pays énumérés ci-dessous, d'autres pays éligibles au titre de la Politique Européenne de Voisinage peuvent rejoindre le Programme ultérieurement.

La zone de coopération est divisée comme suit :

• les zones éligibles principales, qui sont pleinement éligibles pour participer aux projets ;
• les territoires limitrophes, dont la participation peut être autorisée au cas par cas par le Comité de Suivi Conjoint, à condition que leur valeur ajoutée pour le Programme soit bien justifiée.

Un nouvel élément de la période 2014-2020 est la participation de la région de Lisbonne, qui est considérée comme un centre social, économique ou culturel majeur, autorisée uniquement au titre de l'objectif primordial A «Promouvoir le développement économique et social».

Territoires éligibles

• Algérie : Tlemcen, Ain Temouchent, Oran, Mostaganem, Chlef, Tipaza, Alger, Boumerdes, Tizi Ouzou, Bejaia, Jijel,  Skikda, Annaba, El Tarf
• Chypre : tout le pays
• Egypte : Marsa Matruh, Al-Iskandanyah, Al Buhayrah, Kafr ash Shaykh, Ad Daqahliyah, Dumyat, Ash Sharquiyah, Al Isma’iliyah, Bur Sa’id
• Espagne : Andalucía, Cataluña, Comunitat Valenciana, Región de Murcia, Illes Balears, Ciudad de Ceuta, Ciudad de Melilla
• France : Corse, Languedoc-Roussillon, Provence-Alpes-Côte d’Azur
• Grèce : Anatoliki Makedonia - Thraki, Kentriki Makedonia, Thessalia, Ipeiros, Ionia Nisia, Dytiki Ellada, Sterea Ellada, Peloponnisos, Attiki, Voreio Aigaio, Notio Aigaio, Kriti
• Israël: the whole country
• Italie : Basilicata, Calabria, Campania, Lazio, Liguria, Puglia, Sardegna, Sicilia, Toscana
• Jordanie : Irbid, Al-Balga, Madaba, Al-Karak, Al-Trafilah, Al-Aqaba
• Liban : the whole country
• Malte : the whole country
• Palestine : the whole country
• Portugal : Algarve
• Tunisie : Medenine, Gabes, Sfax, Mahdia, Monastir, Sousse, Nabeul, Ben Arous, Tunis, Ariana, Bizerte, Beja, Jandouba

Territoires limitrophes

• Algérie : à définir
• Egypte : Al Gharbiyah, Al Minufiyah, Al Qalyubiyah, As Suways
• Espagne : Extremadura, Castilla La Mancha, Aragon
• France : Rhône‐Alpes, Auvergne, Midi‐Pyrénées
• Grèce : Dytiki Makedonia
• Italie : Molise, Abruzzo, Marche, Umbria, Emilia Romagna, Piemonte
• Jordanie : Al‐Mafraq, Ma’an, Amman, Ajlun, Jarash, Az Zarqa’
• Portugal : Alentejo
• Tunisie : Tataouine, Kebili, Gasfa, Sidi Bouzid, Kairouan, Zaghouan, Manouba, Le Kef, Siliana

Centres sociaux, économiques et culturels majeurs

• Portugal : Lisboa